El Instituto de Fomento Pesquero no cuenta con mecanismos de participación ciudadana, no existiendo tampoco un consejo de la sociedad civil vigente en la Institución. Lo anterior, atendido el objetivo específico del IFOP que es la investigación científica y la forma de integración de su Consejo Directivo (integrantes de los diversos ámbitos que se relacionan con el objetivo del Instituto, tanto del sector público como privado).