• Biología y pesquería de las especies transzonales en relación a su hábitat, en aguas jurisdiccionales y zona de altamar del Pacifico Suroriental
• Investigaciones sobre el recurso perico y peces picudos

• Implementación y aplicación de modelos de evaluación indirecta para los principales recursos pelágicos.
• Programa de Observadores a bordo.
• Variaciones estacionales y espaciales en la abundancia y el consumo de presas por parte de las aves guaneras.
• Abundancia, distribución y estructura poblacional del lobo fino y lobo chusco en el litoral peruano. Avistamientos de mamíferos marinos durante cruceros. Interacciones con operaciones de pesca.
• Monitoreo de tortugas marinas en la zona norte (Piura): Estimación de abundancia relativa, y ecología alimentaria

• Atención de eventos de mortandad masiva y varamientos en la costa peruana
• Monitoreo del potencial pesquero artesanal a través del Sistema de Captación de Información de la Pesca Artesanal, determinando el esfuerzo de pesca y la variación espacio –temporal de la captura por unidad de esfuerzo de las principales especies por artes de pesca.
• Investigaciones sobre el espectro trófico de los principales recursos pesqueros y sus variaciones espacio-temporales a fin de comprender la trofodinámica del mar peruano.
• Investigaciones sobre la edad y crecimiento de los principales recursos pesqueros, para la estimación de sus parámetros y claves de talla-edad, y su aplicación en los modelos de evaluación poblacional.
• Evaluación poblacional de los principales recursos demersales – Crucero de evaluación de la merluza y otros recursos demersales.

• Proyecto “Reforzamiento de las bases científicas para el desarrollo de la pesquería del calamar gigante”, R.M. N°552-2017-PRODUCE
• Investigaciones y monitoreo sobre la biología, pesquería y dinámica poblacional de los principales recursos de invertebrados marinos y macroalgas, con énfasis en el calamar gigante, para las recomendaciones de ordenamiento pesquero.
• Evaluación de las poblaciones de invertebrados marinos, a través de métodos directos e indirectos, para la estimación de la abundancia y sus fluctuaciones espacio-temporales.
• Investigaciones en macroalgas marinas

• Inventario de las comunidades de peces, invertebrados y macroalgas marinas, con la finalidad de contribuir al conocimiento y valoración de la diversidad biológica del país, así como monitorear la variabilidad natural de indicadores ecológicos basados en biodiversidad frente a posibles impactos generados por intervenciones antropogénicas o eventos naturales como El Niño.
• Investigaciones sobre especies y ecosistemas en el mar peruano, como elementos técnicos que contribuyan a garantizar su conservación, en concordancia con los conceptos, principios y acuerdos nacionales e internacionales.

• Evaluación del Estado Presión y Respuesta Ambiental, así como de la calidad ambiental en la zona marino costera
• Evaluación y Análisis de Ecotoxicología en organismos y matrices ambientales.
• Investigación en Basura Marina (Macro, meso y microplásticos)
• Sistemas de Información Geográfica
• Investigación para el manejo en la zona marino costera (Planificación espacial marina, enfoque adaptativo, servicios ecosistémicos, evaluación de la capacidad de carga)

• Monitoreo poblacional del “camarón de río”
• Seguimiento de la pesquería amazónica
• Estudio de recursos pesqueros altoandinos (biología reproductiva de la trucha y el pejerrey)
• Estudios limnológicos pesqueros en cuerpos de aguas continentales

• Investigaciones para la ampliación de la frontera acuícola y su producción sostenida aplicadas en apoyo al sector acuícola.
• Investigaciones en biotecnología de organismos acuáticos y su aplicación en el sector productivo acuícola
• Investigaciones para la transferencia de tecnología de cultivo a las comunidades de zonas Alto Andinas y Amazónicas.

Área Funcional de Hidroacústica

Área Funcional de Artes de Pesca

Área Funcional de Sensoramiento Remoto

• Aplicación del Método Hidroacústico en la Evaluación de Recursos Pesqueros
• Desarrollo de Tecnologías Hidroacústicas para el Manejo de Ecosistemas Acuáticos

Área Funcional de Hidroacústica

Área Funcional de Artes de Pesca

• Investigación de artes, métodos y sistemas de pesca ambientalmente segura y suimpacto en el ecosistema.
• Investigaciones de las artes de pesca tradicional y no tradicional.

• Monitoreo satelital de los procesos físicos y biológicos de ambientes acuáticos con la estación TeraScan.
• Fortalecimiento de la plataforma del Sistema de Monitoreo Satelital de Embarcaciones Pesqueras SISESAT.

• Coordinación y Administración de los Técnicos Científicos de Investigación TCI.

• Estudio y monitoreo de los efectos del Fenómeno El Niño en el Ecosistema Marino frente al Perú :
  • Caracterización de las manifestaciones de El Niño y La Niña y monitoreo físico y biogeoquímico en base a datos in situ y satelitales, para la alerta temprana
  • Monitoreo de indicadores biológicos de las masas de agua y de la biodiversidad del plancton frente a la costa
  • Mecanismos que contribuyen al calentamiento costero (vientos, advección, ondas atrapadas)
• Impacto de los Cambios Climáticos en los ecosistemas marinos frente al Perú: análisis, modelado y adaptación
  • Proyecciones regionales de escenarios de cambio climático en las condiciones físicas, biogeoquímicas y bioclimáticas
  • Vulnerabilidad actual y futura al cambio climático de recursos pesqueros y acuícolas
  • Paleo-reconstrucción de manifestaciones pasadas de las variaciones climáticas en el ecosistema asociado al afloramiento costero y la zona de mínima de oxígeno

• Estudio integrado del afloramiento costero frente a Perú
  • Aspectos dinámicos del afloramiento costero: viento costero, circulación, variabilidad.
  • Biogeoquímica del afloramiento costero y de la Zona de Mínimo de Oxígeno
  • Productividad y comunidades de fitoplancton asociados al afloramiento.
  • Comunidades bentónicas, biogeoquímica del sedimento y acoplamiento bento-pelágico en el gradiente costa-océano.

• Estudio integrado de los procesos Físicos, Químicos y Biológicos en los Ecosistemas de Borde Costero
  • Circulación costera (datos y modelamiento)
  • Caracterización del fitoplancton y del zooplancton asociados a las FAN y factores abióticos condicionantes
  • Impactos de FAN en condiciones biogeoquímicas y bentos de las bahías
• Oceanografía pesquera
  • Estudios de sobrevivencia larval de recursos pesqueros con énfasis en la anchoveta en zonas y épocas de desove
  • Estimación de la biomasa desovante de la anchoveta en base al método de producción de huevos

• BIC Humboldt
• BIC José Oyala Balandra
• BIC Luis Alberto Flores Portugal

• Lancha IMARPE III
• IMARPE IV
• IMARPE V
• IMARPE VI
• IMARPE VIII
• Bote Señor de Sipán
• Bote Don Paco
• Bote Don Manuel