En las últimas tres a cuatro décadas se ha apreciado, a escala mundial, un aparente incremento en la frecuencia, duración, cobertura geográfica e intensidad de los fenómenos conocidos como mareas rojas y que técnicamente son denominadas Floraciones de Algas Nocivas (FAN), situación de la que Chile no ha estado ajeno.

A razón de lo anterior, durante el transcurso del año  1994, y con aportes del Fondo de Investigación Pesquera (FIP), el Instituto de Fomento Pesquero (IFOP) inició los Monitoreos de Marea Roja en la Región de Magallanes y Antártica Chilena; con el propósito principal de disponer de un sistema, adecuado a la realidad geográfica del extremo sur austral de Chile, orientado al muestreo, detección y cuantificación periódico del  Veneno Paralizante de los Mariscos (VPM), además de la distribución y abundancia de la especie nociva fuente primaria de la toxina paralizante, el dinoflagelado, Alexandrium catenella, conjuntamente con disponer de información ambiental de tipo hidrográfica y meteorológica.

Posteriormente,  desde 1997 hasta 2004, este sistema de monitoreo para la región de Magallanes, se realizó con financiamiento del Fondo Nacional de Desarrollo Regional (FNDR), el cual incorporaba además, tópicos en Educación, Capacitación y Difusión del fenómeno; este trabajo se realizó en conjunto con la SEREMI de Salud Magallanes. Durante 2005, sólo se efectuaron las acciones de monitoreo, para lo cual se contó con recursos  provistos por el Fondo de Desarrollo de Magallanes (FONDEMA).  Por otro lado, gracias al financiamiento de la Secretaría Regional Ministerial de Salud Magallanes  y a fin de no interrumpir el trabajo con las personas, se ejecuta desde 2005, el proyecto denominado “Acciones Operacionales en Marea Roja” el cual tiene por objetivo desarrollar actividades para lograr un mejor conocimiento y comprensión de este fenómeno, y lograr de esta manera, conductas responsable por la población con relación a estos eventos, en especial frente a las medidas que adopta la autoridad para proteger la salud pública y minimizar los impactos sobre las actividades productivas.  Todas estas actividades fueron realizadas a través del laboratorio de marea rojas del Instituto de Fomento Pesquero en Punta Arenas.

A partir del año 2006 el IFOP inició el Programa denominado “Manejo y Monitoreo de las Mareas Rojas en las Regiones  de Los Lagos, Aysén y Magallanes” financiado por la Subsecretaría de Pesca (SUBPESCA). El proyecto es liderado por la División de Investigación en Acuicultura, a través de su Departamento de Medio Ambiente, para lo cual cuenta con grupos de trabajo en las ciudades de Puerto Montt, Aysén y Punta Arenas; el objetivo general de este estudio es disponer de información oportuna y confiable sobre toxinas marinas y microalgas tóxicas, con la finalidad de proteger la salud pública y minimizar los impactos sobre las actividades productivas. A diferencia de los estudios previos, éste tiene una cobertura geográfica mucho más amplia, abarcando las regiones administrativas de Los Lagos, Aysén y Magallanes, con sitios de muestreo desde el Estero de Reloncaví en la región de Los Lagos hasta el Canal Beagle en la región de Magallanes. Asimismo, además de centrar esfuerzos sobre el veneno paralizante de los mariscos, este estudio aborda también acciones de monitoreo sobre el veneno diarreico de los mariscos y el veneno amnésico de los mariscos. Se han incorporado además una preocupación preferencial no sólo sobre la microalga señalada previamente, sino que además sobre otras especies nocivas como los dinoflagelados Alexandrium ostenfeldii, Dinophysis acuminata, Dinophysis acuta, Protoceratium reticulatum, Prorocentrum micans, Protoperidinium crassipes y las diatomeas Pseudo-nitzschia cf. australis, P. cf. pseudodelicatissima. La evaluación de las distintas toxinas es efectuada mediante las técnicas oficiales a través de las Secretarías Regionales Ministeriales de Salud de las regiones de Los Lagos, Aysén y Magallanes, en las ciudades de Puerto Montt, Aysén y Punta Arenas, respectivamente.