Los primeros esbozos de las áreas de manejo (AM) aparecen en la década de los 80's, donde de manera informal, pescadores artesanales de la IV región realizan acciones de traslado y protección de recursos bentónicos para su posterior explotación.

Durante esta década, emergieron investigaciones ecológicas y antropológicas que confirmaron la importancia del efecto antrópico sobre los recursos marinos bentónicos costeros y como el hombre podía recuperar y sostener los stocks naturales mediante el co-manejo y la explotación racional de los mismos (Castilla & Duran, 1985; Castilla & Jerez, 1986; Moreno et al., 1984; Moreno, 1986).

En la década de los 90's se formalizó las AM a través del artículo 48 letra (d) de la actual Ley General de Pesca y Acuicultura, figura legal del AM (Área de Manejo) como medida de administración pesquera. Entre 1991 y 1994, IFOP realizó el primer proyecto de evaluación y manejo de recursos bentónicos que abarcó a 13 caletas de la Provincia de Choapa, IV Región, denominado "Módulos de Manejo de Pesquerías Artesanales de la IV Región", el cual sentó las bases conceptuales y metodológicas de los actuales Estudios de Situación Base (ESBA) y Planes de Manejo y Explotación (PME) de las áreas.

A nivel nacional, en 1997, se elevó solicitud oficial para 6 AM con una superficie total de 2000 hás. Hasta diciembre de 1999 se ha solicitado un total de 178 AM con una superficie total de 42.600 hás. En la actualidad, el número de AM solicitadas asciende a 933, de las cuales 277 estan en alguna etapa de estudio de línea base o de seguimiento bio-pesquero, según lo indicado en el reglamento N°355 (1995),N° 572 (2000) y N°253 (2002) de AM.