El IFOP desarrolla en forma anual el Programa de Seguimiento de las Principales Pesquerías Nacionales, el cual está orientado a entregar a la Subsecretaría de Pesca un diagnóstico efectivo de la situación que presentan las principales especies pesqueras de interés comercial en Chile.

Este programa considera la recolección y análisis de la información biológico pesquera de la actividad extractiva, artesanal e industrial, con el propósito de sustentar las medidas de ordenamiento y conservación de las pesquerías pelágicas, demersales, crustáceos y bentónicas. Con el fin de determinar el impacto social y económico de las mediadas de protección ejercidas sobre los recursos, se ha incorporado la caracterización de la industria, en términos de procesamiento, mercado, precios y empleo.

Para dar cumplimiento a estos compromisos, IFOP cuenta con una red nacional de observadores científicos a bordo de los buques pesqueros de las empresas y en los principales puertos de desembarques de la flota industrial, así como en caletas artesanales localizadas desde Arica hasta Punta Arenas. Este gran esfuerzo logístico ha permitido generar información de amplia cobertura espacial y temporal, no existiendo en el país otra base de datos similar.

IFOP desarrolla estudios de cuantificación de biomasa, distribución espacial y estructura poblacional de la sprincipales especies que constituyen pesquerías, mediante técnicas de evaluación directa (hidroacústica, MPH y área barrida). Esta investigación constituye además información que permite calibrar los modelos de Evaluación Indirecta.

Dichas evaluaciones se realizan utilizando como plataforma de investigación los Buques de Investigación Pesquera el B/C "Carlos Porter" y el B/C "Abate Molina", especialmente habilitados para oceanografía biológica y cuantificaciones hidroacústicas. IFOP opera como armador de dichas naves. Además, se utilizan naves pesqueras en actividades de investigación conjunta o, cuando los buques de investigación precitados no se encuentran disponibles.

Con la información proveniente del Programa de Seguimiento de las Principales Pesquerías Nacionales y del Programa de evaluaciones directas de los recursos hidrobiológicos, mediante la aplicación de técnicas de evaluación y diagnóstico de los recursos pesqueros, se establece el nivel de excedente productivo de cada recurso y sobre el cual la autoridad define las cuotas globales anuales de captura para cada pesquería y su diseño de acuerdo al régimen de administración correspondiente. Esta labor la desarrolla IFOP a través de los proyectos de Estimación de CTP Captura Total Permisible.

Este programa está orientado a realizar evaluaciones directas de los recursos tanto para establecer la situación base de las áreas de manejo como para definir el plan de explotación sustentable. Además contempla la aplicación de evaluaciones directas con el fin de hacer el seguimiento de los recursos bajo condición de explotación y ajustar el plan de manejo correspondiente.